修改MySQL下的默认mysql数据库的user表，删除所有host为localhost记录，另外添加一些其他记录，重新启动MySQL服务器。执行show databases，只出现information_schema和test两个数据库，看不到mysql。

解决方法：
 
此问题实际上是用户没有权限：

1. 关闭mysql
2. 启动mysql： mysqld_safe --skip-grant-tables

在数据库名mysql下的user表中，修改相应权限，比如：

INSERT INTO `user` VALUES ('localhost','root','','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','

Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','Y','

Y','','','','',0,0,0,0);