方案仍旧没有改变。

在Maxforce团队开始调查爱尔兰和苹果之间的税务安排之后几个月，它们开始对此前的协议作出一些修改。2013年10月，财务部长努南宣布他将堵上漏洞，不让无国籍控股公司在爱尔兰运营。欧盟称，苹果在2015年改变了其爱尔兰子公司的公司结构。苹果表示，这样做是因为爱尔兰修订了法律。

2014年6月，在Maxforce加快对苹果的调查的同时，爱尔兰总理恩达·肯尼前往美国加州拉拢潜在投资者。在一次旨在宣传爱尔兰企业家的活动中，加州州长杰里·布朗（Jerry Brown）俏皮地说，他一直以为苹果“是一家加州公司”，但根据纳税申报表，“苹果实际上是一家爱尔兰公司”。新闻视频片段显示，当时爱尔兰政府官员面无表情地看着加州州长拿苹果开玩笑。

随着Lienemeyer团队的调查一步步深入，苹果变得越来越担心。2016年1月，玛格丽特·维斯塔格（Margrethe Vestager）会见了苹果CEO库克。她询问了苹果在全球多个司法管辖区的纳税情况。她向苹果高管表示：“必须得有人向你们征税。”

库克当时感谢维斯塔格“坦诚、富有建设性地交换了意见”，并重申，苹果的利润会延迟到转移回美国之后再上税。

在他们随后的信件来往中，双方的言辞越来越激烈。3月14日，库克在写给维斯塔格的信件中表示，他“担心调查的公平性”，欧盟委员会未能充分解释调查苹果的依据，且其处理事情的方式前后不一致，让人摸不着头脑。

苹果称，欧盟在2014年做出决定，承认苹果在爱尔兰的两家子公司为非当地公司，只需为来自爱尔兰的收入纳税，但后来又出尔发尔。库克在信中写道，欧盟委员会把苹果在美国之外的利润都算到其位于爱尔兰的两家子公司身上，似乎决意要苹果追缴巨额税款。

一名欧盟发言人在12月15日的一份声明中称，“不存在前后不一致的情况。”这两家爱尔兰子公司只为一小部分的利润缴税。“因此，（爱尔兰和苹果达成的）这些税收协议让苹果比其他公司少缴纳很多税款，违反了欧盟禁止国家援助的法规。”

库克数次恳求，最后也没有动摇维斯塔格的决心。她在8月份打电话给爱尔兰财政部长迈克尔·努南，告诉他Maxforce团队的调查结果。维斯塔格表示，欧盟委员会将作出不利于爱尔兰的裁决。8月29日下午，爱尔兰官员开始向记者暗示，苹果的补缴税款可能达到数十亿美元。次日中午，维斯塔格在新闻发布会上宣布，欧盟委员会要求苹果补缴130亿欧元税款。

尽管130亿欧元相当于爱尔兰2015年国家预算的26%，但爱尔兰政府似乎不愿意接受这笔意外之财，称欧盟的裁决存在错误，爱尔兰根本没有给予苹果任何特殊待遇。

欧盟的裁决甚至引起了一场政治危机。恩达·肯尼的少数派政府中的一些左派成员认为，苹果是全球最有钱的公司，付得起这笔税款，这属于爱尔兰纳税人的意外所得，不要白不要。即使在努南在多家电视台露面，称爱尔兰将就此裁决提起上诉，一些独立议员仍要求政府收下这笔钱。

由于担心民众的不满会导致政府下台，肯尼和努南最终向民众的要求低头，同意修订该国的企业所得税制度。不过，他们仍表示会上诉。今年9月7日，爱尔兰议会高票通过上诉决议。

Maxforce团队以及其他欧盟办公室的官员称，他们已经收集了大约300家公司的税务信息，正在查找哪些公司获得了欧洲各国政府的优惠待遇。