法院认为，崔永元和方是民(方舟子)的部分微博言论均构成对对方名誉权，各自应承担停止侵权、赔礼道歉、赔偿损失等法律责任。法院认为仅采用公开赔礼道歉的方式不足以弥补对方所受伤害，对双方主张的精神损害抚慰金均予支持。

方舟子诉崔永元侵害名誉权案一审败诉，法院称两人均为公众人物，对来自他人的负面评价也应负有一定容忍义务。

6月25日上午，方是民(笔名方舟子)诉被告(反诉原告)崔永元名誉侵权案在海淀法院开庭审理。9点34分，法庭当庭宣判，崔永元的微博言论不构成侵权。法院认为，方是民、崔永元均为公众人物，享受了较多的公众关注及相关便利，对来自他人的负面评价也应负有一定的容忍义务。崔永元使用“骂战”等用语，虽然对方是民的社会评价有一定不利影响，但情节轻微，尚未达到侮辱、诽谤的严重程度，方是民作为公众人物应当适度容忍，故崔永元的上述微博用语未侵犯方是民的名誉权。法院还表示，本案中双方的争议虽由“转基因”这一公共议题引发，但这并不意味着由公共议题引发的恶意人身攻击也可以受到“言论自由”的保护，公共议题并非人身攻击侵权的“挡箭牌”。据悉，崔永元因在外地参加慈善活动，未到法院参加庭审。